碳有机化合物是指土壤中来自生命的物质，是土壤中除土壤矿物质以外的物质。它是土壤中最活跃的部分，是土壤肥力的基础，是衡量土壤肥力的重要指标之一。那么应该如何选择有机肥？
第一，复合肥看养分，有机肥看原料。
有机肥的原料种类繁多，质量参差不齐，效果差异很大。腐植酸、城市污泥、纸厂纸泥、木质素、生化制药厂废弃物、饼粕等。腐植酸原料在一定程度上可以改善土壤和根系，但对土壤中有益菌的支撑作用很小，所以肥料质量一般。但由于城市污泥和纸厂纸泥重金属含量高，如果在处理过程中有遗漏，会造成农作物的人为污染和收入损失。
第二，有机肥腐熟后效果更好。
虽然木质素原料的有机肥含有较高的有机质，但由于木质素在土壤中难以分解，因此可以想象使用它们作为肥料的效果。近年来，生化制药厂的固体废物经过微生物法分解后制成的有机肥在农业实际生产中表现出良好的效果，这是因为生化制药厂生产的抗生素培养基中会添加淀粉和饼粕。这些废物中的成分营养价值很高，经过分解处理后用作有机肥的效果非常显著。
第三，根据情况选择合适的有机肥料
种植瓜、西红柿等生长期较长的蔬菜作物时，不要简单地使用商品有机肥，也不要简单地根据价格来衡量或选择某种有机肥。农家肥和商品有机肥可按1:1的比例投入使用，可避免商品有机肥持续时间短的缺点。换茬时补充有益微生物也很重要。
有机物对土壤非常重要，及时适当地补充土壤有机物对保持土壤肥力和物理化学性质非常重要。随着大规模种植的到来，传统的补充有机物的方法远远不能满足当前种植的需要。以香蕉为例。除了生产各种商品的有机肥料外，还用鸡粪、油枯等作为增加营养和有机物质的肥料进行种植。它们对提高香蕉的内在品质、香蕉的外部颜色和产量有着不可磨灭的作用，但鸡粪中的抗生素、重金属等问题需要注意，每次使用不当造成的烧根都要选择。
